Pisałem w poprzednim poście, że link do jednego z kursów (video) Barry’ego Smith’a poświęcony ontologiom, zasadom ich tworzenia, ustaleniu czym są ich historii itp. nie działa. No więc już działa i dostępny jest tutaj. Nie widziałem jeszcze wszystkich wykładów, ale dwa pierwsze są ciekawe. Solidna wiedza podana przez rygorystycznego znawcę tematu – sporo porządkuje. Niestety technicznie są problemy żeby usłyszeć co mówią i o co pytają uczestnicy wykładów – albo nie dostaną mikrofonu, albo nie wiedzą jak go używać. 
Wpisy otagowane ‘ontologie’
Semantic Web w medycynie
piątek, 15 Styczeń 2010Trochę uprościłem i uogólniłem sprawę takim tytułem. Bardziej chodzi mi o wykorzystanie szeroko pojętych technologii semantycznych w inżynierii biomedycznej i biocybernetyce. Niektórzy specjaliści, moim zdaniem w znacznej mierze słusznie, wyraźnie oddzielają metody tworzenia i wykorzystywania ontologii dla celów naukowych od tych tworzonych dla tzw. celów administracyjnych np. biznesowych oraz od tych stanowiących realizację koncepcji Semantic Web. Rozwiązania naukowe i administracyjne charakteryzują się znacznie większą dyscypliną tworzenia i regułami rozwoju od potencjalnie swobodnych i samoregulujących się baz wiedzy opartych na koncepcji Semantic Web.
Wygląda na to, że badacze z zakresu medycyny, podobnie jak badacze z dziedzin związanych z szeroko pojętym bezpieczeństwem narodowym, dość szybko zainteresowali się technologiami semantycznymi. Trudno się dziwić. Mają do czynienia z poważnymi problemami opisanymi potężną liczbą danych rozproszonych globalnie i wzajemnie niekompatybilnych. Dość łatwo wyobrazić sobie jakie zalety może mieć połączenie rozsianych po całym świecie medycznych baz danych. Pokaże krótko gdzie można poczytać o tych pracach.
Do najbardziej uznanych przedsięwzięć zalicza się np. OBO Foundry czyli Open Biomedical Ontologies. To solidna, otwarta baza ontologii z zakresu medycyny. Można brać i używać. Wśród projektów powiązanych z OBO występuje jedno z największych przedsięwzięć w tej dziedzinie czyli Gene Ontology (GO), którego celem jest standaryzowanie reprezentacji genów i atrybutów produktów genowych u różnych gatunków roślin i zwierząt.
W wiele projektów związanych z projektowaniem, budową i utrzymywaniem ontologii na potrzeby medycyny zaangażowany jest Barry Smith z University of New York w Buffalo. Warto zajrzeć na jego stronę tutaj. Niezbyt piękna, ale treściwa. Dostępne są tam również wykłady na video. Warto poświęcić parę godzin na obejrzenie. Dobra angielszczyzna, do tego slajdy do pobrania. Kawał solidnej wiedzy. Video z jednego z kursów nie działa – napisałem w tej sprawie – jeśli coś będę wiedział, dam znać.
W Polsce też trochę się już w tej dziedzinie dzieje. Ostatnio natknąłem się na pracę ONTOLOGIA MAMMOGRAFII – STRUKTURA MODELU, DEFINICJE I INSTANCJE POJĘĆ napisaną przez Teresę Podsiadły-Marczykowską z IBIB PAN oraz Annę Guzik z Zakładu Radiologii Szpitala Grochowskiego przy ul. Grenadierów w Warszawie.
Istotną cechą prac z zakresu semantyzacji wiedzy medycznej jest połączenie jej z systemami elektronicznego zapisu zdrowia pacjenta (ang. EHR – electronic health record). Ale to już oddzielny temat.
Ciekawa prezentacja podsumowująca stan Semantic Web
środa, 30 Grudzień 2009Uff.. Trochę spokojniejszy czas nastał więc czas odkurzyć blog. Nic ostatnio nie pisałem, ale to nie znaczy, że nic się nie działo. Póki co, trafiłem na bardzo interesującą prezentację z maja 2009 podsumowującą stan Semantic Web. Choć to ponad 150 slajdów warto poświęcić parę chwil. Autor naprawdę się przyłożył i ogarnął zasadnicze kwestie. Polecam.
Semantic Web Landscape 2009
View more presentations from LeeFeigenbaum.
Trochę o ontologiach
piątek, 9 Październik 2009Ontologia jako dział filozofii to nauka o bycie, o tym co jest. Dobrą pigułkę wiedzy na temat ontologii dostarcza polska wikipedia tutaj. Ważne żeby rozumieć, że to mądrze brzmiące słowo jest nam bardzo bliskie każdego dnia.
Bez posługiwania się ontologiami nie bylibyśmy w stanie sprawnie zrobić zakupów spożywczych. Skąd wiedzielibyśmy, że po chleb, masło i szynkę trzeba pójść do spożywczego a nie np. papierniczego. Ano stąd, że te artykuły klasyfikujemy jako artykuły spożywcze i na pewno nie papiernicze (mimo, że kiepska szynka ma czasem smak wilgotnego kartonu), a artykuły spożywcze kupuje się w sklepie spożywczym. Dalej, dlaczego po chleb idziemy do działu “Pieczywo”, po mleko do działu “Nabiał” a po szyneczkę do działu “Mięso”? Znów z powodu klasyfikacji. Możemy zatem powiedzieć, że w sklepie spożywczym znajdziemy przedmioty należące do poszczególnych klas. Widać z tego, że “ontologia” to nie tylko zajęcie dla filozofów. Ontologia to reprezentacja klas bytów i zależności między nimi. Ważne żeby pamiętać, że włożony przeze mnie do koszyka chleb to nie jest część ontologii, ale obiekt klasy “chleb”, konkretna instancja tej klasy. Tu widać, że ontologia to rodzaj modelu, a nie katalog przedmiotów danej dziedziny. Lista obiektów to populacja ontologii zwana też czasem bazą wiedzy. Można powiedzieć, że: ontologia+obiekty=baza wiedzy.
Żeby człowiek mógł sprawnie przemierzać sklepowe stoiska w poszukiwaniu określonych towarów, żeby potrafił wnioskować gdzie znajdzie mleko, potrzebuje wiedzy o tej części rzeczywistości. Jeśli chcemy, żeby maszyna potrafiła zachowywać się podobnie musimy nauczyć ją tego co jest i musimy to zrobić szybko, bo nie będzie miała okazji od dziecka chodzić z rodzicami po sklepach, żeby gromadzić tę wiedzę. Trzeba zatem specjalisty w tej dziedzinie (np. jakiegoś doświadczonego “społem’owskiego” magazyniera), który opisze te byty czyli stworzy ontologie.
I nam właśnie o taką ontologię chodzi. Ontologie pojawiły się w informatyce dawno temu, na długo przed ukuciem terminu Semantic Web. Jednak od początku istnienia koncepcji Semantic Web oba te pojęcia chadzają za rękę.
Na pewno będę jeszcze pisać o ontologiach i przygodach z ich tworzeniem. A póki co zainteresowanych tematem odsyłam po doskonałe narzędzie do tworzenia ontologii czyli Protege, które znajdziecie tutaj.
Praktycy zapewne docenią tutorial dostępny pod tym linkiem. Serdecznie polecam!
